공각기동대의 원작자 시로 마사무네의 SF 만화를 3DCG 기술을 구사하여 애니메이션 영화화. 서기 2131년, 여성 병사 듀난 너츠는 사이보스로 변한 연인 브리아레오스와 재회하여 미래 도시 올림포스로 가게 된다. 올림포스는 언뜻 보기에는 평화롭고 이상적인 도시지만 감정을 억제한 바이오로이드가 정치를 맡고, 인류의 존재를 뒤흔드는 계획이 은밀히 진행되고 있었다. 인류의 미래에 대한 열쇠를 쥐고 있는 '애플시드'를 찾기 위한 싸움이 시작된다!
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